RouterOS Scripting ist eine Scriptsprache, die mit Shell Scripten von Linux oder Unix Systemen verglichen werden kann. Mit dem "RouterOS Scripting Host" bietet MikroTik vielfältige Möglichkeiten, um die Konfiguration von RouterOS zu automatisieren oder dynamisch zu verändern. Damit kann RouterOS noch flexibler auf die individuellen Bedürfnisse abgepasst, und sogar um benötigte Funktionalität erweitert werden.
Neben der Kommandozeile bietet die RouterOS Winbox mehrere grafische Werkzeuge, welche die Verwaltung und Ausführung von Scripten erleichtern.